司馬庫斯人,根據耆老的口述裡,自認祖先來自南投縣仁愛鄉 Pinsbkan(今瑞岩部落),在大霸尖山附近的 Quri Sqabu 分散(現今的泰雅族人稱分散地:思源啞口),這裡是北台灣的至高點,從高處望去,可以見到各個不同的流域,族人再分別往北、東、等不同方向遷徙,其中一支到達今日塔克金溪左岸的鎮西堡、新光一帶,並繼續擴展至泰崗、秀巒、田埔等地,這群人被稱為 Knazi;另一支則朝今天塔克金溪右岸的司馬庫斯一帶前進,並繼續向北擴展至今玉峰、那羅一帶,形成 Mrqwang 支族。因此司馬庫斯與同屬 Mrqwang 的玉峰、那羅等地關係較近,與僅一河之隔、屬於 Knazi 的新光部落反而關係較遠。Knazi 以及 Mrqwang 之間甚至曾在日治時期爆發戰爭。
至於司馬庫斯地名的由來,據部落耆老口述,是為了紀念一位名為 Mangus(馬庫斯)的祖先,Smangus(司馬庫斯)則是對於這位祖先的尊稱。